今までの仲介という形の場合を考えます。

売り手に免税事業者・課税事業者が存在しており、今まで経理処理を行う際はせいぜい入場料、駐車場代、トータル売金額、トータル買金額、返品のようにせいぜい５つの仕訳くらいで済んでました。

それがインボイス制度を導入すると、業者ごとの仕訳が必要になってきます。 免税業者と課税業者を分けて仕訳するのだけでは済まず、業者ごとの仕訳が必要になってきます。それぞれの仕訳にインボイス番号が必要とされますし、正式な業者名はもちろん住所、電話番号の把握も必要となるでしょう。かなりの手間になります。もちろん市場サイドも同じようにかなりの手間になります。そして何より市場では割と重要である「売り手の秘匿性」についてもなくなってしまうのです。

すごく面倒で厄介ですよね。でも、これらの煩雑な手間を行わなければなりません。それがインボイス制度ですから。
そしてそもそも市場に免税業者が存在するからこのようになるのではなく、仲介という形をとってる限りインボイス登録業者に絞ったところでもついてくる作業であることをお忘れなく。